F7PMBZMO - Zpracování medicínských obrazů

Cílem předmětu je seznámit studenty s konkrétními metodami, postupy a nástroji pro zpracování medicínských obrazů. Předmět svým obsahem navazuje na povinný předmět Zpracování a analýza obrazu a rozšiřuje již získané znalosti o konkrétní aplikace v medicíně. V předmětu se studenti naučí zpracovávat obrazy 2D a 3D i 4D snímků z různých modalit

(magnetická rezonance - T1, T2 snímky, T2*), SPECT, CT, ultrazvuk atd. Prakticky si vyzkouší celý proces zpracování medicínských obrazů pro jednotlivé modality a to předzpracování, vzájemnou koregistraci, normalizaci, segmentaci, klasifikaci a kvantifikaci. Ve cvičení bude kladen důraz na použití aktuálního software a nástrojů pro zpracování dat.

Splnění průběžného a závěrečného testu – každý na min. 50 % (každý test max. 50 bodů).

Seznámení s nástroje pro zpracování medicínského obrazu.

Formáty a práce s obrazovými medicínskými daty.

3D obraz, Transformace obrazu – transformační matice, rotace, ranslace, změna měřítka.

Rekonstrukční techniky u výpočetní tomografie.

Hodnocení kontrastu a šumu. Předzpracování snímků.

Zarovnání a koregistrace 3D snímků z různých modalit

Normalizace a transformace 3D snímků.

Segmentace a využití atlasů při detekci jednotlivých částí mozku.

Voxel-based morfologie.

Využití hlubokých neuronových sítí pro segmentaci tkání

HLAVÁČ, Václav a Miloš. SEDLÁČEK. Zpracování signálů a obrazů. 2. přeprac. vyd. Praha: ČVUT, 2007. ISBN

978-80-01-03110-0.

PRINCE, Jerry L. a Jonathan M. LINKS. Medical imaging signals and systems. 2nd ed. Upper Saddle River: Pearson,

c2015. ISBN 978-0-13-214518-3.

SONKA, Milan., Vaclav. HLAVAC a Roger BOYLE. Image processing, analysis, and machine vision. Fourth

edition. Stamford, CT, USA: Cengage Learning, 2015. ISBN 978-1133593607.

• Navazující magisterský studijní program Biomedicínské inženýrství (povinný předmět)