Jste zde

17DBVMGV - Vybrané metody genetického výzkumu

Kód Zakončení Kredity Rozsah Jazyk výuky
17DBVMGV ZK 5 2P česky
Přednášející:
Taťána Jarošíková, Marie Lipoldová (gar.)
Cvičící:
Předmět zajišťuje:
katedra přírodovědných oborů
Anotace:

Předmět je zaměřen na prohloubení informací o přístrojích a metodách pro mapování genů, jakož i získání nových informací o čipových technikách. Student získá teoretické i praktické dovednosti ve způsobech zařazení individuální genů do ontologických drah, modulární analýze, a srovnání vybraných genetických polymorfismů, které ovlivňují choroby člověka, jakož i informace o moderních metodických přístupech studia k polygenně kontrolovaným chorobám pomocí funkčního, pozičního a expresního klonování, se zvláštní pozorností na poziční klonování. Prakticky si vědomosti ověří v práci s dostupnými databázemi. Předmět umožní prohloubit posluchačům znalosti ve vybraných metodách genetiky a genomiky na modelu laboratorní myši (Mus musculus) s důrazem na výzkum odolnosti k infekčním chorobám.

Požadavky:

Standardně probíhá výuka kontaktní formou a předmět je zakončen ústní zkouškou, které předchází písemná příprava. V případě, že počet studentů je menší než 5 může výuka probíhat v podobě řízeného samostudia s pravidelnými konzultacemi. V tom případě je kromě zkoušky navíc požadováno vypracování písemné studie studentem na zadané téma. Stejný postup platí v případě neúčasti na jednotlivých přednáškách. Dalším požadavkem je odborná prezence na přednáškách.

Osnova přednášek:

1) Přístroje a metody pro mapování genů (I). 2) Přístroje a metody pro mapování genů (II). 3) Čipové techniky (I). 4) Čipové techniky (II). 5) Přehled přístupů systémové analýzy vnímavosti. 6) Práce s databázemi KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) a GO (Gene Ontology). 7) Práce s databází STRING. 8) Modulární analýza (I). 9) Modulární analýza (II). 10) Multifaktoriální dědičnost. 11) Monogenně a polygenně kontrolovaná onemocnění. 12) Funkční, poziční a expresní klonování. 13) Myší modely využívané v pozičním klonování. 14) Příklad mapování genetických loků.

Osnova cvičení:

Předmět nemá cvičení

Cíle studia:

Cílem předmětu je získat informace o přístrojích a metodách pro mapování genů, jakož informace o čipových technikách. Student dále získá dovednosti v způsobech zařazení individuální genů do ontologických drah, modulární analýze, a srovnání vybraných genetických polymorphismů, které ovlivňují choroby člověka. Dalším cílem je získat informaci o moderních metodických přístupech studia k polygenně kontrolovaným chorobám pomocí funkčního, pozičního a expresního klonování, se zvláštní pozorností na poziční klonování. Předmět umožní prohloubit posluchačům znalosti ve vybraných metodách genetiky a genomiky na modelu laboratorní myši (Mus musculus) s důrazem na výzkum odolnosti k infekčním chorobám.

Studijní materiály:

Povinná:

[1] Lipoldová M, Demant P. Genetic susceptibility to infectious disease: lessons from mouse models of leishmaniasis. Nat Rev Genet. 2006 Apr;7(4):294-305. Dostupné na: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16543933

[2] Kalisky T, Blainey P, Quake SR. Genomic analysis at the single-cell level. Annu Rev Genet. 2011;45:431-45. doi: 10.1146/annurev-genet-102209-163607. Dostupné na: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21942365

[3] Lee M. Silver, Mouse Genetics. Concepts and Applications, Oxford University Press, 1995 Dostupné na: http://www.informatics.jax.org/silver/

Doporučená:

[4] Burgess-Herbert SL, Cox A, Tsaih SW, Paigen B. Practical applications of the bioinformatics toolbox for narrowing quantitative trait loci. Genetics. 2008 Dec;180(4):2227-35. doi: 10.1534/genetics.108.090175. Dostupné na: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18845850

[5] Demant P. Cancer susceptibility in the mouse: genetics, biology and implications for human cancer. Nat Rev Genet. 2003 Sep;4(9):721-34. Dostupné na: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12951573

[6] Farber CR, Lusis AJ. Integrating global gene expression analysis and genetics. Adv Genet. 2008;60:571-601. doi: 10.1016/S0065-2660(07)00420-8. Dostupné na: http://d360prx.biomed.cas.cz:2259/pubmed/18358333

Poznámka:
Předmět je součástí následujících studijních plánů:
Materiály ke stažení: